案例解读

案例一 乳腺癌转移和复发的基因组进化
文章出处 文章发表在《Cancer Cell》上,IF(2017): 27.4
研究目的 1. 探索原发癌和复发转移癌基因组的演变;2. 探索原位复发和远端转移复发的肿瘤驱动的异同
目的1样本 40个肿瘤样本和血液DNA(来源17个患者)
目的2样本 227个肿瘤样本(来源163个患者)
技术方案
目的1研究方案

目的2研究方案

结果
目的1结果: 找出了不同类型的复发转移在基因组层面和分子机制方面的异同。

图1.使用全基因组测序,对17个病人的三个临床情况来探索基因组进化的模式。

备注:原发性肿瘤诊断时局部淋巴结受累(8例);明确的原发性肿瘤治疗后局部复发(n = 4);和随后的远处转移发展(n = 7)。结果显示:首先,转移性或复发性克隆从原发性乳腺病变的系统发生属于晚期分支,相对原发性肿瘤发生较少的新生突变。其次,驱动突变倾向于集中在系统树的树干上,尽管通过复发或转移克隆获得了1或2个额外的驱动突变。
目的2结果:找出原发肿瘤和复发肿瘤关键驱动突变的异同。
      图2.关于乳腺癌复发驱动突变的研究。作者对来自远处端转移的227个样本中的365个已知癌症基因的外显子进行了测序,对163个患者的局部区域复发进行测序,同时从TCGA发表的705例原发性乳腺癌的外显子组中对比了这些基因,结果显示:来自局部复发或转移的样本平均具有比原发性肿瘤群体更高数量的驱动点突变。例如相对频繁的乳腺癌基因突变,TP53,PIK3CA和GATA3(当存在时)通常在原发性和复发性样品中均有发现。相反,癌症基因频率较低的突变常常仅在复发时才被发现,其中参与SWI / SNF信号传导的基因尤其显著,如ARID1A,ARID1B和ARID2,它们在原发病灶中通常是野生型的,但是在复发中失活。